PENGKLASTERAN PASIEN KANKER LEUKEMIA BERDASARKAN DATA EKSPRESI GEN DENGAN MENGGUNAKAN DEKOMPOSISI NILAI SINGULAR

Evi Noviani, Yoga Satria Putra

Abstract


Informasi yang terkandung di dalam rangkaian molekular Deo-
xyribonucleic acid (DNA) makhluk hidup dapat diketahui melalui
teknologi microarray. Data microarray menyajikan data tingkat
ekspresi gen yang umumnya berukuran besar. Satu sampel pada data microarray bisa memiliki ribuan atau puluhan ribu gen. Pada penelitian ini diolah data pasien kanker darah (leukemia) yang berukuran 500032dengan entri tak negatif. Data microarray pasien leukemia dapat diolah dengan menggunakan Dekomposisi Nilai Singular sedemikian sehingga sampel yang memiliki sifat yang sama dikelompokkan dalam satu kelompok. Dekomposisi Nilai Singular digunakan untuk mengelompokkan data dengan dua macam keragaman (bi-clustering), yaitu menggunakan nilai vektor singular kedua dan ketiga. Dari implementasi pada data, pasien kanker dapat
dikelompokkan menjadi penyakit AML, dan ALL beserta sub tipe
penyakit ALL, yakni ALL-T dan ALL-B.

Keywords


Data microarray; leukemia; bi-clustering; dekomposisi nilai singular

Full Text:

PDF

References


Brazma, Alvis, Helen P., Thomas S., Mohammadreza S., A quick introduction to elements of biology - cells, molecules, genes, functional genomics, microarrays, European ioinformatics Institute, on-line tutorial di www.ebi.ac.uk/microarray/biology intro.html, 2001.

Brazma, Alvis. and Jaak Vilo, Gene Expression Data Analysis,

Federation of European Biochemical Scieties:480. p. 17-24, 2000.

Brown, Patrick O. and David Botsteins, . Exploring the new

world of the genome with DNA microarrays, Nature genetics supplement: 21, p. 33-37, 1999.

Brunet, JP., Pablo Tamayo, T.R. Golub, and J.P. Mesirov, Metagenes and Molecular Pattern Discovery Using Matrix Factorization., Procidings of The National Academy of Sciences: 101. p. 4164-4169, 2004

Chandrasoma, P, Taylor, Clive R., Ringkasan Patologi Anatomi, Edisi ke-2. Jakarta:EGC, 2005.

Cheung, Vivian G , Michael Morley, Francisco Aguilar,

Aldo Massimi,Raju Kucherlapati and Geoffrey Childs, Making

and reading microarrays, Nature genetics supplement: 21, p. 1519, 1999

Rahmalia, A, Novianti R., At a Glance Medicine, Jakarta:

Erlangga., 2006.

Setiawan, L,Kapita Selekta Hematologi, Edisi Keempat. Jakarta: EGC, 2005.




DOI: http://dx.doi.org/10.12962/j1829605X.v7i2.1434

Refbacks

  • There are currently no refbacks.


Jumlah Kunjungan:

Creative Commons License
Limits: Journal Mathematics and its Aplications by Pusat Publikasi Ilmiah LPPM Institut Teknologi Sepuluh Nopember is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License.
Based on a work at https://iptek.its.ac.id/index.php/limits.